Di dalam sidang paripurna pertama, sidang sempat ricuh saat pembahasan tata tertib yang diikuti beberapa peserta walk out dari arena sidang. Namun sidang paripurna tetap berlangsung setelah Ir. Sutjipto selaku pimpinan sidang mengajukan penawaran kepada peserta yang menolak Pasal 7 tata tertib untuk berdiri dan yang menyetujui tetap duduk, ternyata dari 1822 peserta hanya beberapa orang yang berdiri dan sidang dilanjutkan kembali.
Setelah dibukanya kehidupan kepartaian politik oleh Presiden Habibie, untuk menyongsong Pemilu 1999, PDI-P didirikan. Dalam Pemilu ini, PDI-P memperoleh peringkat pertama untuk suara DPR dengan memperoleh 151 kursi. Walaupun demikian, PDI-P gagal membawa Megawati ke kursi kepresidenan, karena kalah voting dalam Sidang Umum MPR 1999 dari Abdurrahman Wahid, dan oleh karenanya Megawati menduduki kursi wakil presiden. Setelah Abdurrahman Wahid turun dari jabatan presiden pada tahun 2001, PDI-P berhasil menempatkan Megawati ke kursi presiden.
Dalam Pemilu Legislatif 2004, perolehan suara PDI-P turun ke peringkat kedua, dengan 109 kursi. Untuk Pemilu Presiden 2004, PDI-P kembali mencalonkan Megawati sebagai calon presiden, berpasangan dengan KH Hasyim Muzadi sebagai calon wakil presiden.